Καταρχας κανε shutdown τον server οταν κανει αλλαγες στο mod.
Δευτερον το .iwd εiναι zip τωρα που το ξαναειδα, soz. Αν το κανεις save με winrar ισως να το χαλαει (οσο αφορα το cod4). Δοκιμασε με winzip.
Επισης αν οι alpha τρεχουν σε linux πρεπει μαλλον αφου το κανεις upload να κανεις properties και να δωσεις read, write και execute rights (δωστα ολα για να εισαι σιγουρος). Αν θα στο εχει αυ το στα properties ειναι καθαρα θεμα ftp manager που χρησιμοποιεις.